该剧讲述了四个情同手足的乌龟少年一直生活在人类城市隐秘的下水管道中，他们渴望成为这个城市的英雄，被人接受。在人类朋友爱普莉尔的帮助下，四位忍者神龟开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……
