该剧讲述了暗黒紐宇宙にある「キョアック星」はこれまで宇宙の多くの星を侵略し、配下に収めてきた。そしてその魔の手は地球にも差し迫っていた。ちょうどその頃、国分寺博士はオーバーテクノロジーを持つ「超古代縄文人」がキョアック星人の侵略を予期して描いたという巨大ロボットの壁画をもとに、合体ロボット「ゲキ・ガンガー3」を作り上げた。地球の緑を守るため、ゲキ・ガンガー3はキョアック星人の「メカ怪獣」と死闘を繰り広げる…。
