该剧讲述了明朝中叶,皇帝怒查军粮亏空,钦定为空印案。三法司衙(俗称六扇门)奉命追查,以季同归为首的捕头反被陷害,无奈之际隐姓埋名继续追查。案件明朗,东厂提督与国相先后叛乱,危难之际六扇门联合锦衣卫挺身而出。